A partir del triunfo de la República, en 1867, sobre el desafortunado imperio de Maximiliano con el que tan involucrada estuvo la jerarquía eclesiástica mexicana, las relaciones entre Iglesia y Estado fueron adquiriendo en Jalisco ciertas peculiaridades que, sin llegar a ser del todo diferentes a las que predominaron en otras partes de México, sí alcanzaron honduras que las hicieron más complejas y contradictorias, hasta el extremo de convertir esta parte de México en núcleo vital para el intento que más tarde haría la Iglesia de reconquistar de facto privilegios que era mucho más difícil recuperar en el terreno de las leyes.